Voici l'histoire qui a transformé un sanctuaire vénérable en joyau. Le terrain où se dresse aujourd'hui le sanctuaire fut autrefois la résidence de Tsunashige, seigneur de Kofu et frère aîné du cinquième shogun, Tokugawa Tsunayoshi. C'était également le lieu de naissance du sixième shogun, Tsunatoyo, qui prit plus tard le nom d'Ienobu. En raison de cette naissance, le sanctuaire Nezu devint la divinité tutélaire de son lieu de naissance, le ubusunagami. Le sanctuaire lui-même est bien plus ancien que le shogunat. La tradition affirme que Yamato Takeru le fonda à Sendagi, et qu'Ota Dokan, le célèbre seigneur de guerre, y fit ériger des bâtiments à l'époque Bunmei. Puis Tsunayoshi transféra le sanctuaire de son ancien site de Sendagi vers son emplacement actuel et, en 1706, fit construire pour lui de nouveaux halls. Les divinités honorées ici sont Susanoo, Oyamakui et Homuwake, auxquelles s'ajoutent Okuninushi et Sugawara no Michizane. À l'époque d'Edo, un temple tendai nommé Shosen-in assurait l'administration du sanctuaire, qui était vénéré comme un sanctuaire gongen. C'est pourquoi vous entendrez encore le surnom de Nezu Gongen. Le nom se prête même à un jeu de lecture. Un guide de 1662 le décrivait comme le Gongen qui ne dort jamais, un veilleur de nuit parmi les dieux.