Un zoo est une histoire de personnes autant que d'animaux. Le premier directeur, d'avril 1901 à mai 1907, fut Ishikawa Chiyomatsu, un spécialiste des poissons. À cette époque, le zoo était une installation annexe du Musée impérial, et Ishikawa mit son talent au service de l'importation d'animaux venus de l'étranger. Il fut suivi par Kurokawa Yoshitaro, qui dirigea le zoo de juin 1907 à janvier 1933. Après sa retraite, Koga Tadamichi prit la relève. Ces longs mandats assurèrent la continuité du zoo à travers des décennies de changements. Un autre nom mérite d'être connu : Nishiyama Toshio, soigneur d'hippopotames, qui devint plus tard le premier directeur du zoo de Tobu. Il devint célèbre sous le nom de « directeur des hippopotames ». La réputation du zoo a également franchi les frontières. En 2016, Ueno et le zoo de Hsinchu, à Taïwan, chacun présentés comme le plus ancien zoo de leur pays, ont convenu de coopérer sur des questions telles que la formation du personnel. Et en décembre 2017, un bébé panda géant nommé Xiang Xiang fut présenté à la presse ici, attirant des foules de tout le Japon.