Voici l'histoire telle que le sanctuaire la raconte. La tradition du sanctuaire soutient que la fondation eut lieu en l'an quatre cent cinquante-huit, lorsque la divinité Amenotajikarao no Mikoto fut installée ici par ordre impérial. Puis, en treize cent cinquante-cinq, des habitants locaux qui vénéraient Sugawara no Michizane l'invitèrent à être adoré ici également. C'est ainsi que l'homme connu comme le dieu de l'érudition acquit une demeure sur cette petite colline d'Edo, la ville devenue Tokyo. En quatorze cent soixante-dix-huit, Ōta Dōkan, le guerrier associé aux premiers aménagements du château d'Edo, reconstruisit le sanctuaire. Une légende s'attache à cette reconstruction. L'Edo Meisho Zue, un guide du XIXe siècle des lieux célèbres de la ville, rapporte que Dōkan rencontra Michizane dans un rêve, et que peu après un homme arriva portant un portrait dit de la main même de Michizane ; frappé par sa ressemblance avec le visage vu en rêve, Dōkan construisit un pavillon pour l'abriter. Prenez cela comme une légende, mais remarquez ce qu'elle vous dit : ce sanctuaire s'était déjà profondément ancré dans l'imaginaire de la ville. Puis vinrent les Tokugawa. Lorsque Tokugawa Ieyasu entra au château d'Edo en quinze cent quatre-vingt-dix, il tenait ce sanctuaire en particulière vénération, et en quinze cent quatre-vingt-onze il fit don de cinq koku de terres dans le village de Yushima pour financer ses rites. Jusqu'à la séparation Meiji du shintoïsme et du bouddhisme, le grand temple Kan'ei-ji à Ueno servait de bettō au sanctuaire, c'est-à-dire de temple administratif, tandis que le Kiken-in voisin gérait les affaires pratiques. Le sanctuaire fut appelé Yushima Shrine pendant une longue période de l'histoire moderne, et changea son nom en Yushima Tenmangū en l'an deux mille ; en deux mille un, il fut désigné sanctuaire Beppyo par le Jinja Honchō, l'association des sanctuaires shinto. Sa fête annuelle tombe le vingt-cinq mai.