Le temple Honnō-ji commence avec un moine nommé Nichiryu, et l'histoire part de la tradition Hokke elle-même. Nichiren prêcha le Sutra du Lotus dans l'est du Japon. La tradition raconte que, deux jours avant sa mort, il fit venir le disciple de son disciple, Nichizo, et lui demanda de porter l'enseignement jusqu'à Kyoto. Nichizo s'y rendit, fit face aux pressions des moines du mont Hiei, et fonda le premier temple Hokke de Kyoto, Myohonji, appelé plus tard Myokenji. Nichiryu y étudia dès l'âge de 18 ans, mais des conflits au sein de l'école le poussèrent à partir. En 1415, il ouvrit un temple appelé Honō-ji à Aburanokoji, sur Gojo Bomon, l'actuelle rue Bukkoji. En 1418, il fut démoli par le chef de Myokenji, si bien que Nichiryu s'enfuit vers Kawachi, puis vers Amagasaki, où il fonda Honkoji. Il revint en 1429. Avec l'aide d'un marchand de tissus Yuzen nommé Kosodeya Soku, il reconstruisit le temple à Uchino. Puis, en 1433, un homme nommé Nyoio-maru lui donna un terrain à Shijo Bomon. Le temple y fut rebâti et prit le nom de Honnō-ji. C'est ce nom qui a perduré.