Passons maintenant à ce qui remplit ces salles. La collection remonte aux estampes caricaturales du milieu de l'époque d'Edo et comprend des magazines de l'ère Meiji, des livres de location d'après-guerre, les séries populaires d'aujourd'hui, ainsi que des œuvres venues de l'étranger. À l'ouverture du musée, environ 200 000 documents avaient déjà été réunis, principalement offerts par des collectionneurs particuliers et par des librairies qui avaient autrefois tenu des boutiques de location de livres. La collection n'a cessé de croître depuis, pour atteindre environ 300 000 documents. Le deuxième étage accueille l'exposition permanente, avec des présentations sur l'histoire du manga et sur les mangas du monde entier. Ayez l'œil ouvert pour le symbole du musée, le phénix, ou Hi no Tori, tiré de l'œuvre d'Osamu Tezuka. Cette sculpture a été réalisée par Mitsuaki Sudo, un sculpteur de Kyoto spécialisé dans les statues bouddhiques, et ses yeux sont incrustés de plaques de cristal. Il existe aussi un coin ludique où des auteurs de manga dessinent des portraits des visiteurs. Les voyageurs venus de l'étranger en rapportent souvent un en souvenir. Une précision pratique : la photographie et la vidéo des expositions et des ouvrages à l'intérieur ne sont pas autorisées, par respect du droit d'auteur.