Commençons par la couche la plus ancienne de l'histoire. La tradition veut qu'avant le transfert de la capitale à Heian-kyō en 794, un petit sanctuaire sur ce terrain honorait déjà une divinité des épidémies, le dieu de la tempête Susanoo. Ce petit sanctuaire subsiste aujourd'hui sous la forme d'un sanctuaire auxiliaire au sein du sanctuaire Imamiya, appelé Yakujinja, le sanctuaire de la divinité des épidémies. Puis vint l'année 994. Une grande peste balaya la capitale, et Kyoto réagit comme elle le faisait souvent, par un goryoe, un rituel destiné à apaiser les esprits en colère tenus responsables des maladies. La cour fit construire deux sanctuaires portatifs et y transféra la divinité de l'épidémie. Ils furent portés jusqu'à la colline appelée Funaokayama et y furent déposés, de la musique fut offerte, puis le fléau fut transféré dans des offrandes et envoyé flotter vers l'embouchure de Naniwa. Ce rituel, le Murasakino Goryoe, est considéré comme le début du festival Imamiya. Il se reproduisit en 1001, lorsque la peste revint. Cette fois, la cour fit descendre la divinité de Funaokayama et construisit un véritable sanctuaire, avec clôture sacrée et sanctuaire portatif, sur l'ancien site, et le nomma Imamiya-sha. C'est le moment où le sanctuaire en tant qu'institution est censé commencer. Trois divinités y sont vénérées : Onamuchi no Mikoto, Kotoshironushi no Mikoto et Kushinadahime no Mikoto.