Marchez derrière les salles et la grande échelle cède la place à un jardin. Le Shinen, le jardin du sanctuaire, est un lieu national de beauté pittoresque, créé par Ogawa Jihei le Septième, grand maître jardinier de Kyoto connu sous le nom d'Ueji, qui vécut de 1860 à 1933. Il y travailla pendant plus de vingt ans. C'est un jardin de promenade construit autour d'un grand bassin, qu'il remplit d'eau prélevée au canal du lac Biwa, tout proche. À l'époque, c'était une idée audacieuse et rare. Le jardin comporte quatre parties : Ouest, Centre, Est et Sud. Les parties Ouest et Centre datent de 1895, la partie Est de 1916, et la partie Sud, la plus récente, de 1981. Ensemble, elles font écho à quatre époques : Heian, Kamakura, Azuchi-Momoyama et Edo. Certains des élégants bâtiments en bois ici ont été transférés du palais impérial de Kyoto, et il existe des endroits aménagés pour s'asseoir et profiter de la vue. L'année du sanctuaire compte aussi des temps forts. Le 22 octobre, anniversaire du transfert de la capitale, le cortège Jidai Matsuri serpente du palais impérial de Kyoto jusqu'au sanctuaire Heian. Environ 2000 personnes y participent, en costumes classés par époque, de la période Meiji jusqu'à la période Heian. Il compte parmi les trois grandes fêtes de Kyoto. Le rite annuel le plus important du sanctuaire a lieu le 15 avril, lorsqu'un envoyé impérial assiste à la cérémonie avec des offrandes.