Tout grand temple a une origine, et celui-ci commence modestement. Hōnen, né en 1133 dans la province de Mimasaka, dans l'actuelle préfecture d'Okayama, gravit le mont Hiei à treize ans et fut ordonné à quinze ans. Il fonda plus tard la secte Jōdo, dont la pratique centrale est la récitation du nembutsu, la formule Namu Amida Butsu. Près de Higashiyama Yoshimizu, à proximité de l'emplacement actuel du Seishidō, il vécut dans un petit ermitage de chaume. Cette humble demeure est la graine dont est né Chion-in. Son enseignement ne fut pas accueilli favorablement par tous. En 1207, lors de la persécution de Jōgen, Hōnen fut exilé dans la province de Sanuki, dans l'actuel préfecture de Kagawa. Quatre ans plus tard, en 1211, il fut gracié et revint dans la capitale. Son ancien ermitage étant tombé en ruine, il s'installa dans le proche Otani Zenbō, qui correspond aujourd'hui au Seishidō. Il y mourut le vingt-cinquième jour du premier mois de 1212, à l'âge de 80 ans. Après sa mort, un mausolée fut édifié à côté de l'Otani Zenbō, mais des moines du Enryakuji le détruisirent en 1227. L'histoire ne s'arrête pas là. En 1234, le disciple de Hōnen, Genchi, fit revivre le site, et l'empereur Shijō accorda au temple le nom Kachōzan Chion Kyoin Otaniji. Dès lors, un ermitage sur une colline entama son long parcours pour devenir le temple principal d'une école entière du bouddhisme.