Toyotomi Hideyoshi, issu de modestes origines, s'éleva jusqu'à gouverner le Japon, et il mourut en 1598. Son épouse principale, Kita-no-Mandokoro, fit alors le vœu de construire un temple à la mémoire de son âme. Kōdai-ji en est le résultat. Son nom officiel est Kodaijusho-zenji, et on le date généralement des années 1605 à 1606. Les sources divergent sur l'année exacte, et la sixième année de Keichō, puis la onzième, sont toutes deux mentionnées. Voici un retournement de l'histoire. L'homme qui soutint son projet fut Tokugawa Ieyasu, le rival qui allait fonder le shogunat remplaçant la lignée de Hideyoshi. Ieyasu appuya la construction. Il nomma Itakura Katsushige, le Shoshidai de Kyoto, magistrat des travaux, et fit exécuter le chantier par des samouraïs placés sous ses ordres. L'un d'eux, Hori Naomasa, fut particulièrement important, et une statue en bois de lui est conservée dans la salle du Fondateur, le Kaisan-do. Le temple ne partit pas de rien. Il s'éleva sur un terrain ayant appartenu autrefois à un temple nommé Unkō-ji, qui fut détruit par le feu pendant la guerre d'Ōnin. Et les premiers bâtiments furent commencés par le transfert de structures provenant d'autres temples de Kyoto. En un sens, Kōdai-ji fut assemblé à partir de pièces plus anciennes et reçut une nouvelle destination.