Esta es la historia que convirtió a un venerable santuario en un escaparate. El terreno donde hoy se levanta el santuario fue en otro tiempo la residencia de Tsunashige, señor de Kofu y hermano mayor del quinto shogun, Tokugawa Tsunayoshi. También fue el lugar de nacimiento del sexto shogun, Tsunatoyo, que más tarde adoptó el nombre de Ienobu. Debido a ese nacimiento, el Santuario Nezu se convirtió en la deidad protectora de su lugar de nacimiento, el ubusunagami. El santuario es mucho más antiguo que el shogunato. La tradición dice que Yamato Takeru lo fundó en Sendagi, y que Ota Dokan, el famoso señor de la guerra, mandó erigir allí edificios del santuario durante la era Bunmei. Después, Tsunayoshi trasladó el santuario desde su antiguo emplazamiento en Sendagi al terreno actual y, en 1706, construyó para él nuevos salones. Las deidades veneradas aquí son Susanoo, Oyamakui y Homuwake, junto con Okuninushi y Sugawara no Michizane, también veneradas. En el período Edo, un templo tendai llamado Shosen-in actuó como administrador del santuario, que era venerado como santuario gongen. Por eso todavía se oye el apodo Nezu Gongen. Incluso existe una lectura juguetona del nombre. Una guía de 1662 lo describió como el Gongen que nunca duerme, un vigilante nocturno entre los dioses.