Un zoológico es una historia de personas tanto como de animales. El primer director, de abril de 1901 a mayo de 1907, fue Ishikawa Chiyomatsu, científico especializado en peces. En aquella época, el zoológico era una instalación anexa del Museo Imperial, e Ishikawa puso su talento al servicio de la importación de animales desde el extranjero. Le sucedió Kurokawa Yoshitaro, que dirigió el zoológico desde junio de 1907 hasta enero de 1933. Tras su jubilación, Koga Tadamichi ocupó el cargo. Estos largos mandatos dieron continuidad al zoológico durante décadas de cambios. Otro nombre que merece conocerse es Nishiyama Toshio, cuidador de hipopótamos que más tarde se convirtió en el primer director del Zoológico Tobu. Se hizo famoso como el Director Hipopótamo. La reputación del zoológico también ha cruzado fronteras. En 2016, Ueno y el zoológico de Hsinchu, en Taiwán, descritos cada uno como el zoológico más antiguo de su país, acordaron cooperar en asuntos como la formación del personal. Y en diciembre de 2017, una cría de panda gigante llamada Xiang Xiang fue presentada a la prensa aquí, atrayendo a multitudes de todo Japón.