El edificio principal del museo y sus terrenos han sido reconocidos en los niveles más altos. En 2007, el edificio principal fue declarado Bien Cultural Importante de Japón. Después, el 17 de julio de 2016, durante la 40.ª sesión del Comité del Patrimonio Mundial celebrada en Estambul, el edificio principal y sus terrenos fueron inscritos en la Lista del Patrimonio Mundial. Forman parte de un conjunto llamado La obra arquitectónica de Le Corbusier, una contribución destacada al Movimiento Moderno. Ese conjunto tiene diecisiete componentes repartidos en siete países: Francia, Suiza, Bélgica, Alemania, Argentina, India y Japón. Fue la primera vez que una inscripción seriada que abarcaba tres continentes se aprobaba en una única decisión. El edificio ha crecido con el tiempo. Un nuevo edificio se terminó en 1979, con motivo del vigésimo aniversario del museo, diseñado para funcionar en conjunto con el edificio principal de Le Corbusier. Sus muros exteriores son paneles prefabricados de juntas abiertas con azulejos de gres verde oscuro incrustados. Está dispuesto de forma que envuelve los olmos de Zelkova y los ginkgos, lo que crea un patio de intenso verde. En 1997 se añadió un edificio de exposiciones. El jardín delantero se renovó en abril de 2022, de modo que puede volver a experimentarlo tal como lucía cuando el museo se creó. Desde el vestíbulo se puede ver, hacia el sur, el Tokyo Bunka Kaikan.