Para entender por qué un santuario tan antiguo se alza aquí, hay que seguir dos traslados. La tradición del santuario dice que comenzó en el año 730, cuando un clan de ascendencia Izumo llamado Makanda Omi se estableció en la aldea de Shibazaki, en la provincia de Musashi, y consagró a la deidad Ōnamuchi no Mikoto como su dios ancestral. Esa aldea se encontraba cerca de donde hoy están el distrito de Ōtemachi de Tokio y el túmulo de Taira no Masakado, no aquí. También hay una historia escondida en el nombre. Estas eran tierras donde el gran santuario de Ise mantenía sus campos de arroz sagrados, llamados kanda, y se fundó un santuario para proteger ese terreno, conocido como Kanda no Miya. Luego viene la historia de un espíritu inquieto. La tradición sostiene que extraños disturbios estallaban una y otra vez alrededor del túmulo de Masakado y asustaban a la gente local, que los interpretaba como obra de su espíritu enojado. Se atribuye a un monje itinerante de la escuela Ji llamado Shinkyō haber calmado a ese espíritu, y en 1309 Masakado fue consagrado en este santuario. Siglos después, a medida que el castillo de Edo se expandía, el santuario fue trasladado dos veces: primero a Kanda-dai a principios del siglo XVII, y luego, en 1616, a este lugar exacto, elegido para proteger el noreste del castillo, la dirección tradicionalmente llamada puerta de los demonios. A partir de entonces sirvió como santuario tutelar general de Edo.