Esta es la historia tal como la cuenta el santuario. La tradición del santuario sostiene que la fundación tuvo lugar en el año cuatrocientos cincuenta y ocho, cuando la deidad Amenotajikarao no Mikoto fue consagrada aquí por orden imperial. Luego, en mil trescientos cincuenta y cinco, los lugareños que veneraban a Sugawara no Michizane lo invitaron a ser adorado aquí también. Así fue como el hombre conocido como el dios del saber adquirió un hogar en esta pequeña colina de Edo, la ciudad que se convirtió en Tokio. En mil cuatrocientos setenta y ocho, Ōta Dōkan, el guerrero asociado con el trazado temprano del castillo de Edo, reconstruyó el santuario. Una leyenda se aferra a esa reconstrucción. El Edo Meisho Zue, una guía del siglo XIX de los lugares famosos de la ciudad, registra que Dōkan se encontró con Michizane en un sueño, y que poco después llegó un hombre cargando un retrato que se decía era de la propia mano de Michizane; impresionado por su parecido con el rostro que había visto en el sueño, Dōkan construyó un salón para él. Tómese como leyenda, pero nótese lo que dice: este santuario ya se había abierto camino profundamente en la imaginación de la ciudad. Luego llegaron los Tokugawa. Cuando Tokugawa Ieyasu entró en el castillo de Edo en mil quinientos noventa, tuvo este santuario en particular reverencia, y en mil quinientos noventa y uno donó cinco koku de tierra en la aldea de Yushima para financiar sus ritos. Hasta la separación Meiji del sintoísmo y el budismo, el gran templo Kan'ei-ji en Ueno sirvió como bettō del santuario, o templo administrativo, con el cercano Kiken-in encargándose de los asuntos prácticos. El santuario se llamó Santuario Yushima durante un largo tramo de la historia moderna, y cambió su nombre a Yushima Tenmangū en el año dos mil; en dos mil uno fue designado santuario Beppyo por Jinja Honchō, la asociación de santuarios sintoístas. Su festival anual cae el veinticinco de mayo.