Eis um dos fatos mais surpreendentes sobre o templo Ninna. A maior parte de seus edifícios foi destruída pelo fogo durante a Guerra Ōnin, que assolou de 1467 a 1477. A reconstrução veio nas eras Kan'ei e Shoho, entre 1624 e 1648. Em 1634, o vigésimo primeiro dirigente do templo, o príncipe Kakushin, pediu ao xogum Tokugawa Iemitsu, que visitava Kyoto, que ajudasse na restauração do templo. Iemitsu concordou, e o apoio do xogunato tornou a reconstrução possível. O resultado foi uma espécie de reciclagem em escala imperial. Quando o palácio imperial de Kyoto foi reconstruído nos anos Kan'ei, alguns de seus antigos edifícios foram doados ao templo e transferidos para cá. O Salão Dourado, Tesouro Nacional, é o antigo Shishinden, o principal salão cerimonial do palácio, construído em 1613. É o Shishinden mais antigo que ainda sobrevive em qualquer lugar. Quando se tornou um salão budista, o telhado foi trocado de casca de cipreste por telha, mas ainda é possível ver detalhes do palácio, como as venezianas de treliça que se erguem para cima e as peças decorativas de metal dourado. No interior, a imagem principal é Amida Nyorai. O Salão do Fundador, Bem Cultural Importante, foi construído entre 1641 e 1645 com madeira do antigo salão Seiryoden do palácio. Ele abriga imagens de Kobo Daishi, fundador da escola Shingon, junto com o imperador Uda e o segundo dirigente do templo, o príncipe Shoshin.