Comece pela camada mais antiga da história. A tradição afirma que, antes de a capital ser transferida para Heian-kyo em 794, um pequeno santuário neste local já honrava uma divindade das epidemias, o deus das tempestades Susanoo. Esse pequeno santuário sobrevive hoje como um santuário auxiliar dentro do Santuário Imamiya, chamado Yakujinja, o Santuário da Divindade das Epidemias. Então veio o ano de 994. Uma grande peste varreu a capital, e Kyoto respondeu como costumava fazer, com um goryoe, um ritual destinado a apaziguar espíritos furiosos responsabilizados por doenças. A corte construiu dois santuários portáteis e transferiu a divindade da epidemia para eles. Foram levados até a colina chamada Funaokayama e deixados ali, foi oferecida música, e a calamidade foi então canalizada para oferendas e enviada flutuando em direção à enseada de Naniwa. Esse ritual, o Murasakino Goryoe, é considerado o início do Festival Imamiya. Ele aconteceu novamente em 1001, quando a peste retornou. Dessa vez, a corte trouxe a divindade de Funaokayama e construiu um santuário apropriado, com cerca sagrada, santuário portátil e recinto no antigo local, dando-lhe o nome de Imamiya-sha. É esse momento que se diz marcar o início do santuário como instituição. Três divindades são veneradas aqui: Onamuchi no Mikoto, Kotoshironushi no Mikoto e Kushinadahime no Mikoto.