O templo Honnō-ji começou com um monge chamado Nichiryu, e a história começa com a própria tradição Hokke. Nichiren pregou o Sutra do Lótus no leste do Japão. A tradição diz que, dois dias antes de morrer, ele chamou seu discípulo do discípulo, Nichizo, e lhe pediu que levasse o ensinamento a Kyoto. Nichizo foi, enfrentou pressão dos monges do Monte Hiei e fundou o primeiro templo Hokke de Kyoto, Myohonji, depois conhecido como Myokenji. Nichiryu estudou ali desde os dezoito anos, mas conflitos dentro da escola o expulsaram. Em 1415, ele abriu um templo chamado Honō-ji em Aburanokoji, em Gojo Bomon, hoje a rua Bukkoji. Em 1418, o templo foi derrubado pelo chefe do Myokenji, e Nichiryu fugiu para Kawachi, depois para Amagasaki, onde fundou o Honkoji. Ele voltou em 1429. Com a ajuda de um comerciante de tecidos Yuzen chamado Kosodeya Soku, reconstruiu o templo em Uchino. Então, em 1433, um homem chamado Nyoio-maru lhe deu terreno em Shijo Bomon. O templo foi reconstruído ali e adotou o nome Honnō-ji. Esse é o nome que perdurou.