Caminhe atrás dos salões e a grande escala dá lugar a um jardim. O Shinen, o jardim do santuário, é um lugar nacional de beleza cênica, criado por Ogawa Jihei, o Sétimo, grande mestre de jardins de Kyoto conhecido como Ueji, que viveu de 1860 a 1933. Ele trabalhou nele por mais de vinte anos. É um jardim de passeio construído em torno de um grande lago, que ele abasteceu com água desviada do canal do Lago Biwa, nas proximidades. Na época, era uma ideia ousada e rara. O jardim tem quatro partes: Oeste, Central, Leste e Sul. As partes Oeste e Central datam de 1895, a Leste de 1916, e a Sul, a mais recente, de 1981. Juntas, elas evocam quatro eras: Heian, Kamakura, Azuchi-Momoyama e Edo. Algumas das graciosas construções de madeira aqui foram transferidas do Palácio Imperial de Kyoto, e há locais projetados para sentar e apreciar a vista. O ano do santuário também tem seus pontos altos. Em 22 de outubro, aniversário da transferência da capital, a procissão Jidai Matsuri segue do Palácio Imperial de Kyoto até o Santuário Heian. Cerca de 2000 pessoas participam, com trajes organizados por época, do período Meiji de volta ao período Heian. Ele é considerado um dos três grandes festivais de Kyoto. O rito anual mais importante do santuário ocorre em 15 de abril, quando um enviado imperial comparece com oferendas.