Todo grande templo tem uma história de origem, e esta começa de forma modesta. Honen, nascido em 1133 na província de Mimasaka, na atual Okayama, subiu o Monte Hiei aos treze anos e foi ordenado aos quinze. Mais tarde fundou a seita Jodo, cuja prática central é a recitação do nembutsu, a frase Namu Amida Butsu. Em Higashiyama Yoshimizu, perto de onde hoje se encontra o Seishido, ele viveu em um pequeno eremitério de palha. Essa morada humilde é a semente da qual o Chion-in cresceu. Seus ensinamentos nem sempre foram bem recebidos. Em 1207, durante a perseguição de Jogen, Honen foi exilado para a província de Sanuki, na atual Kagawa. Quatro anos depois, em 1211, ele foi perdoado e retornou à capital. Seu antigo eremitério havia caído em ruínas, então ele se mudou para o vizinho Otani Zenbo, que hoje é o Seishido. Ele morreu ali no vigésimo quinto dia do primeiro mês de 1212, aos oitenta anos. Após sua morte, um mausoléu foi construído ao lado do Otani Zenbo, mas monges do Enryakuji o destruíram em 1227. A história não terminou aí. Em 1234, o discípulo de Honen, Genchi, reviveu o local, e o imperador Shijo concedeu ao templo o nome Kachozan Chion Kyoin Otaniji. A partir desse momento, um eremitério em uma colina começou sua longa jornada até se tornar o templo principal de toda uma escola do budismo.