Pour comprendre ce sanctuaire, imaginez Shinjuku avant les gratte-ciel. À cette époque, le lieu se trouvait assez loin d'Edo, la ville que nous appelons aujourd'hui Tokyo. La zone commença à se développer lorsqu'une nouvelle station relais ouvrit sur la route Ome Kaido et Koshu Kaido, qui servait de raccourci sur la route du Nakasendo, l'itinéraire reliant Edo à Kyoto. Les voyageurs avaient besoin d'un logement, les marchands suivirent, et un sanctuaire chargé de veiller sur tous ces gens avait du sens. Le sanctuaire Hanazono Jinja en vint à être considéré comme le plus important de Shinjuku, protégeant le quartier et ses habitants, marchands, artisans et artistes. Quel âge a-t-il ? Deux récits existent. Selon le premier, le sanctuaire fut fondé au milieu du XVIIe siècle. Selon le second, il était déjà vénéré comme le sanctuaire central de Naito Shinjuku avant que Tokugawa Ieyasu n'établisse le shogunat d'Edo. Dans les deux cas, dès l'époque d'Edo, il était déjà considéré comme ancien.