En 1877, la station expérimentale ouvrit une école d'agriculture dotée d'instructeurs européens. L'année suivante, elle fut transférée à Komaba et devint l'école d'agriculture de Komaba, ancêtre des facultés d'agronomie de l'université de Tokyo et de l'université d'agriculture et de technologie de Tokyo. Puis, en 1879, le jardin botanique de Shinjuku ouvrit ses portes, placé sous la responsabilité du ministère de la Maison impériale. L'homme le plus lié à la croissance du jardin est Fukuba Hayato. Né à Iwami, dans l'actuelle préfecture de Shimane, il fut adopté à seize ans par un savant des études nationales et s'installa à Tokyo. Il étudia l'agriculture occidentale moderne à l'école Gakunosha, fondée par Tsuda Sen, et devint en 1877 stagiaire à la station Naito Shinjuku. Il rejoignit le personnel lorsque le jardin botanique commença et y resta près de quarante ans. Il reçut plus tard un titre de noblesse en 1907 et un doctorat en agronomie en 1919. En 1906, le jardin renaquit en tant que jardin impérial. Son cérémonie d'inauguration, qui célébrait également la guerre russo-japonaise, fut honorée de la présence de l'empereur Meiji, et il reçut officiellement le nom de Shinjuku Gyoen. Les jardins formel et paysager furent conçus par un paysagiste français. Pendant des décennies, il servit principalement à des réceptions impériales en plein air et de jardin de palais pour accueillir des invités venus du Japon et de l'étranger.