Voici l'un des faits les plus surprenants au sujet du temple Ninna-ji. La plupart de ses bâtiments ont brûlé pendant la guerre d'Onin, qui fit rage de 1467 à 1477. La reconstruction eut lieu aux ères Kan'ei et Shoho, entre 1624 et 1648. En 1634, le vingt-et-unième chef du temple, le prince Kakushin, demanda au shogun Tokugawa Iemitsu, alors en visite à Kyoto, de l'aider à restaurer le temple. Iemitsu accepta, et le soutien du shogunat rendit la reconstruction possible. Le résultat fut une sorte de recyclage à l'échelle impériale. Lorsque le palais impérial de Kyoto fut reconstruit pendant les années Kan'ei, certains de ses anciens bâtiments furent accordés au temple et transférés ici. La Salle d'or, trésor national, est l'ancien Shishinden, la principale salle de cérémonie du palais, construite en 1613. C'est le plus ancien Shishinden conservé au monde. Lorsqu'elle devint une salle bouddhiste, le toit fut remplacé d'écorce de cyprès par des tuiles, mais l'on peut encore voir des détails propres au palais, comme les volets à treillis qui se relèvent vers le haut et les ornements de métal dorés. À l'intérieur, l'image principale est Amida Nyorai. La Salle du fondateur, bien culturel important, fut construite entre 1641 et 1645 avec le bois de l'ancienne salle Seiryoden du palais. Elle abrite des images de Kobo Daishi, fondateur de l'école Shingon, ainsi que de l'empereur Uda et du deuxième chef du temple, le prince Shoshin.