El templo Honnō-ji comenzó con un monje llamado Nichiryu, y la historia arranca con la propia tradición Hokke. Nichiren predicó el Sutra del Loto en el este de Japón. Según la tradición, dos días antes de morir llamó a su discípulo de discípulo, Nichizo, y le pidió que llevara la enseñanza a Kioto. Nichizo fue, afrontó presiones de los monjes del monte Hiei y fundó el primer templo Hokke de Kioto, Myohonji, más tarde conocido como Myokenji. Nichiryu estudió allí desde los dieciocho años, pero los conflictos dentro de la escuela lo expulsaron. En 1415 abrió un templo llamado Honō-ji en Aburanokoji, en Gojo Bomon, hoy calle Bukkoji. En 1418 el responsable de Myokenji lo derribó, así que Nichiryu huyó a Kawachi y luego a Amagasaki, donde fundó Honkoji. Regresó en 1429. Con la ayuda de un comerciante de tela yuzen llamado Kosodeya Soku, reconstruyó el templo en Uchino. Después, en 1433, un hombre llamado Nyoio-maru le cedió terrenos en Shijo Bomon. El templo se reconstruyó allí y adoptó el nombre de Honnō-ji. Ese es el nombre que ha perdurado.