La historia del Santuario Tsurugaoka Hachiman incluye destrucción y renacimiento. En el período Sengoku, el santuario fue incendiado por el clan Satomi, en un suceso conocido como la Batalla de Tsurugaoka Hachiman. El señor de la guerra Hojo Ujitsuna lo reconstruyó después. Bajo el shogunato Tokugawa, en el período Edo, el santuario fue protegido y se convirtió en un complejo mucho más grande. Se erigieron edificios como la puerta Nio, la sala Goma, el depósito giratorio de sutras, un escenario de kagura, una sala Aizen de estilo Fudo, una sala hexagonal, una sala Kannon y una sala Benten. Durante el reinado de Tokugawa Iemitsu se construyeron la sala Yakushi, una torre de campanas y una puerta-torre. También había dentro del recinto una gran pagoda Tahoto y un santuario Toshogu. Luego llegó un giro dramático. En 1868, el nuevo gobierno Meiji ordenó que los sacerdotes que también servían como sacerdotes del santuario volvieran a la vida laica. Tras una proclama en 1870, el movimiento para separar el budismo del sintoísmo comenzó también aquí. Ese mismo año, la gran pagoda Tahoto y otras salas budistas fueron destruidas, y muchas estatuas budistas, herramientas rituales, tesoros y escrituras fueron destruidos, quemados o dispersados. Sin embargo, algunos sobreviven. El nombre del santuario cambió de Tsurugaoka Hachimangu-ji a Santuario Tsurugaoka Hachiman. Por eso los terrenos que recorre hoy parecen un santuario sintoísta, aunque su pasado anterior se compartió con el budismo.