Ecco la storia che ha trasformato un venerabile santuario in un gioiello di prestigio. Il terreno su cui sorge l'attuale santuario era un tempo la residenza di Tsunashige, signore di Kofu e fratello maggiore del quinto shogun, Tokugawa Tsunayoshi. Fu anche il luogo di nascita del sesto shogun, Tsunatoyo, che in seguito assunse il nome di Ienobu. Proprio per quella nascita, il Santuario Nezu divenne la divinità protettrice del suo luogo natale, il ubusunagami. Il santuario, in sé, è molto più antico dello shogunato. La tradizione afferma che Yamato Takeru lo fondò a Sendagi e che Ota Dokan, il celebre signore della guerra, vi fece erigere edifici sacri durante l'epoca Bunmei. Poi Tsunayoshi trasferì il santuario dal suo antico sito di Sendagi all'area attuale e, nel 1706, vi fece costruire nuove sale. Le divinità venerate qui sono Susanoo, Oyamakui e Homuwake, con Okuninushi e Sugawara no Michizane collocati accanto a loro. Nel periodo Edo, un tempio della scuola Tendai chiamato Shosen-in amministrava il santuario, che veniva venerato come santuario gongen. Ecco perché si sente ancora il soprannome Nezu Gongen. Esiste persino una lettura giocosa del nome. Una guida del 1662 lo descriveva come il Gongen che non dorme mai, un guardiano notturno tra le divinità.