Uno zoo è una storia fatta di persone quanto di animali. Il primo direttore, dall'aprile 1901 al maggio 1907, fu Ishikawa Chiyomatsu, uno scienziato specializzato in pesci. A quel tempo lo zoo era una struttura annessa al Museo Imperiale, e Ishikawa mise il suo talento al servizio dell'importazione di animali dall'estero. Gli succedette Kurokawa Yoshitaro, che guidò lo zoo dal giugno 1907 al gennaio 1933. Dopo il suo pensionamento, Koga Tadamichi assunse l'incarico. Questi lunghi mandati garantirono continuità allo zoo attraverso decenni di cambiamenti. Un altro nome da conoscere è Nishiyama Toshio, un custode di ippopotami che in seguito divenne il primo direttore dello Zoo Tobu. Divenne famoso come il Direttore Ippopotamo. La reputazione dello zoo ha inoltre varcato i confini. Nel 2016, Ueno e lo zoo di Hsinchu, a Taiwan, entrambi descritti come lo zoo più antico del rispettivo Paese, hanno concordato di collaborare su questioni come la formazione del personale. E nel dicembre 2017, un cucciolo di panda gigante di nome Xiang Xiang fu presentato alla stampa in questo luogo, attirando folle da tutto il Giappone.