Il capitolo più toccante della storia della torre appartiene al Grande terremoto di Hanshin-Awaji del 17 gennaio 1995. Il Naka Pier fu gravemente danneggiato, eppure la torre ne uscì quasi illesa. Il 14 febbraio, a meno di un mese dal sisma, le sue luci tornarono accese, con la speranza che fossero un faro per i cittadini di Kobe mentre si rialzavano per ricostruire. Quel gesto contribuì a trasformare la torre in un simbolo di ripresa. È stata rinnovata più di una volta. Una ristrutturazione tra la fine del 2009 e l'aprile 2010 costò circa 330 milioni di yen e portò a una torre ridipinta, a un nuovo sistema di illuminazione a LED capace di 40 tipi di effetti luminosi, a una sala panoramica rinnovata e a una migliore accessibilità. Poi, da settembre 2021 fino ad aprile 2024, la torre fu chiusa per il consolidamento antisismico e la ristrutturazione, e avvolta in teli bianchi. Nel dicembre 2023, durante una cerimonia di accensione del 21, fu svelata di nuovo, e le persone del luogo che si erano radunate applaudirono. La ristrutturazione ha aggiunto un ponte panoramico coperto di vetro con una vista a 360 gradi. Ora un ascensore diretto collega il piano terra al ponte di osservazione al quinto piano. La vecchia insegna al neon con la scritta PORT OF KOBE in cima è stata sostituita con illuminazione a LED, e l'insegna originale al neon è stata collocata come monumento su un prato appena a sud dell'edificio della Dogana di Kobe.