Bien avant que le lac ne devienne une destination célèbre, cette terre appartenait aux Thao, l'un des peuples autochtones de Taïwan. Leur propre récit de la découverte du lac se déroule ainsi : des chasseurs thao poursuivaient un cerf, et celui-ci les conduisit vers un magnifique lac rempli de poissons. La légende raconte que c'est ainsi qu'ils trouvèrent l'eau qu'ils appelleraient Zintun. Les Thao vivaient autrefois dispersés dans les régions environnantes, notamment à Shuishe, Shiyin, Maobu, Xincheng, Zhongming et Toushe. Sous le règne de l'empereur Daoguang de la dynastie Qing, des colons han commencèrent à étendre leur présence sur le territoire thao. Plus tard, sous le règne de l'empereur Tongzhi, une politique visant à convertir la culture autochtone à la culture han fut mise en place. Le lac a connu d'autres noms au fil du temps. Il fut parfois appelé lac Candidius, en référence au missionnaire Georgius Candidius. Le nom Sun Moon Lake apparut pour la première fois par écrit dans un livre de 1821. Aujourd'hui, on peut encore découvrir la culture thao à Ita Thao, l'un des deux principaux villages du lac. Ses boutiques et commerces appartiennent principalement à des Thao. Dans les années 1960, un centre de culture autochtone fut créé pour aider à préserver la culture thao, et il ouvrit ses portes en 1975.