Chaque musée a une histoire de fondation, et celui-ci a impliqué une longue recherche de la bonne adresse. En 2017, le ministère de la Culture de Taïwan a commencé à planifier un musée national de la bande dessinée. En 2018, la préparation du projet a été confiée au Musée national d'histoire de Taïwan, et en août 2020, une équipe préparatoire a été constituée pour organiser des événements et commencer à rassembler une future collection. Le premier projet prévoyait de construire dans le parc économique et commercial de Shuinan, à Taichung. Le treize mai 2020, le ministère a annoncé que ce projet avait échoué, les deux parties n'ayant pas pu s'accorder sur l'aménagement de l'espace. La ville a proposé sept autres sites possibles, et un comité de chercheurs spécialisés en bande dessinée et en aménagement de l'espace a été invité à les évaluer. En octobre 2020, le ministère a désigné comme base retenue un ancien bureau d'une entreprise sucrière et un ensemble d'entrepôts ferroviaires. Puis le projet a de nouveau changé. Le premier avril 2023, l'ensemble de la prison de Taichung a été confirmé comme site du musée, le ministère de la Culture prenant en charge le coût. Les terrains et les bâtiments, d'une superficie totale de 2,75 hectares, ont été transférés au ministère à titre gratuit entre juin et août. Les travaux de rénovation ont commencé en septembre, et le bureau préparatoire a été créé le vingt octobre.