En août 1998, le musée a fermé ses portes pour une rénovation majeure, et il a marqué ce moment par une cérémonie de clôture centrée sur un événement explosif de l'artiste Cai Guo-Qiang, intitulé Rien détruit, rien construit. Un peu plus d'un an plus tard, le 21 septembre 1999, le grand séisme a endommagé le bâtiment principal et a contraint le musée à fermer à nouveau. Les chapitres plus récents concernent la croissance. En septembre 2018, le ministre de la Culture a signé une lettre d'intention avec le président du musée Shun Tien en Californie. Le président a déclaré que ce don accomplirait le souhait de son père, Hsu Hung-yuan, fondateur de l'entreprise pharmaceutique Shuntien. Il a apporté au musée une collection de 652 peintures, offerte gratuitement, et l'ensemble de la collection est arrivé en août 2019. La collection comprend des œuvres de grandes figures de la peinture taïwanaise moderne, parmi lesquelles Li Mei-shu, Liao Chi-chun, Chen Cheng-po, Yang San-lang, Kuo Hsueh-hu, Lin Chih-chu, Yen Shui-long, Li Shih-chiao et Chen Chin. Le musée devait présenter ces œuvres à la proche Préfecture de Taichung, monument national distinct, mais ce projet a été annulé en février 2020, et le ministère de la Culture a commencé à chercher un autre lieu consacré à l'histoire de l'art taïwanais.