Voici la caractéristique qui rendait cette tour spéciale. Au-dessus de la plateforme d'observation, tout en haut, elle abritait un véritable phare. La plupart des tours de l'époque servaient simplement à regarder au loin. Celle-ci guidait aussi les navires, et elle a longtemps été répertoriée comme le phare le plus haut du monde. Sa forme fait également partie de l'histoire. Les tours de cette époque étaient pour la plupart à angles droits, alors que celle-ci a dix côtés. Cela signifie qu'elle paraît à peu près identique quel que soit l'angle sous lequel on la regarde. En 1961, lorsqu'il y avait peu de grands bâtiments à proximité, sa silhouette distinctive était visible depuis le port et depuis de nombreux quartiers de la ville. Le phare a aussi évolué au fil des années. En 1989, il a été rebaptisé Phare de la Tour de la Marine de Yokohama, avec une partie supérieure rouge, une partie inférieure blanche et une structure en treillis. La gestion du phare a été transférée à la ville de Yokohama en 2007, et son service de phare, qui avait duré environ cinquante ans, a pris fin en 2008. En 1990, un système d'éclairage couleur a été achevé, de sorte qu'après la tombée de la nuit, la tour est devenue un repère lumineux en plus d'être un repère de jour.