Le sanctuaire principal, ou Honden, est la véritable vedette architecturale. Il a été construit à l'époque Oei, entre 1394 et 1428, et largement restauré en 1542. Dans une ville où le feu a détruit tant d'anciens bâtiments en bois, celui-ci a survécu, ce qui en fait l'un des plus anciens de Kyoto. Il est classé Bien culturel important. Observez attentivement le toit. La plupart des sanctuaires de Kyoto utilisent le style nagare-zukuri, où le toit est plus long à l'avant et plus court à l'arrière. Ici, le toit à pignon descend avec la même longueur à l'avant et à l'arrière, dans une forme rare appelée ryonagare-zukuri, également connue sous le nom de Matsuo-zukuri. Il est recouvert d'écorce de cyprès, et les extrémités du faîtage se recourbent selon une forme décorative appelée karahafu. Le bois chaud et l'écorce contrastent avec les murs blancs situés entre les piliers. Le sanctuaire abrite aussi une remarquable collection de statues divines. Trois d'entre elles sont des Biens culturels importants, deux masculines et une féminine, et seize autres sont classées par la préfecture de Kyoto. Il y a enfin les jardins de Shofuen, trois jardins de styles différents utilisant plus de 200 pierres. Fin avril, environ 3000 yamabuki, ou kerria, fleurissent d'un jaune doré le long de la rivière Ichinoi, entre la porte-tour et le hall principal.