Le chapitre le plus émouvant de l'histoire de la tour concerne le grand séisme de Hanshin-Awaji du 17 janvier 1995. La jetée Naka elle-même a été gravement endommagée, mais la tour en est sortie presque indemne. Le 14 février, moins d'un mois après le séisme, ses lumières se sont rallumées, dans l'espoir qu'elles soient un phare pour les habitants de Kobe alors qu'ils se relevaient pour reconstruire. Ce geste a contribué à faire de la tour un symbole de la reprise. Elle a été rénovée à plusieurs reprises. Une rénovation menée de fin 2009 à avril 2010 a coûté environ 330 millions de yens et a permis de repeindre la tour, d'installer un nouveau système d'éclairage LED capable de 40 types d'affichages lumineux, de rafraîchir la salle d'observation et d'améliorer l'accessibilité. Puis, de septembre 2021 à avril 2024, la tour a été fermée pour un renforcement parasismique et une rénovation, et enveloppée d'une bâche blanche. En décembre 2023, lors d'une cérémonie d'illumination le 21, elle a été dévoilée à nouveau, et les habitants venus se rassembler ont applaudi. La rénovation a ajouté un belvédère en toiture entouré de verre offrant un panorama complet à 360 degrés. Un service d'ascenseur direct relie désormais le rez-de-chaussée au belvédère du cinquième étage. L'ancienne enseigne au néon PORT OF KOBE, au sommet, a été remplacée par un éclairage LED, et l'enseigne d'origine a été installée comme monument sur une pelouse, juste au sud du bâtiment de la douane de Kobe.