Para entender este santuario, imagina Shinjuku antes de los rascacielos. En aquellos tiempos estaba bastante alejado de Edo, la ciudad que hoy llamamos Tokio. La zona comenzó a desarrollarse cuando se abrió una nueva estación de descanso en los caminos Ome Kaido y Koshu Kaido, que servía como atajo en la carretera Nakasendo, la ruta que conectaba Edo con Kioto. Los viajeros necesitaban alojamiento, los comerciantes los siguieron y tenía sentido un santuario que velara por todos ellos. El santuario Hanazono Jinja llegó a considerarse el santuario más importante de Shinjuku, protegiendo la zona y a sus habitantes, comerciantes, artesanos y artistas. ¿Qué antigüedad tiene? Se cuentan dos versiones. Una dice que el santuario se fundó a mediados del siglo XVII. La otra afirma que ya era venerado como el santuario central de Naito Shinjuku antes de que Tokugawa Ieyasu estableciera el shogunato de Edo. En cualquier caso, para el periodo Edo ya se consideraba antiguo.