Durante más de dos siglos, el shogunato Tokugawa mantuvo a Japón cerrado al comercio extranjero, con los Países Bajos y China como únicas excepciones. En 1854 la situación cambió. Japón firmó tratados de amistad, uno tras otro, con Estados Unidos, el Reino Unido y Rusia, y Hakodate se convirtió en un puerto abierto al comercio exterior. El shogunato envió a altos funcionarios, llamados magistrados de Hakodate, para dirigir la situación. Eran responsables de negociar con países extranjeros, defender las costas y administrar la ciudad. Su oficina de gobierno necesitaba una sede, y el plan era situarla tierra adentro, lejos del puerto y del centro urbano, protegida por un fuerte. Ahí tiene su origen Goryōkaku. Nació como centro administrativo, pero la defensa era la consideración principal. Los barcos occidentales llegaban ahora a la bahía, y el shogunato quería que su oficina pudiera defenderse por sí misma. Así, Goryōkaku se construyó como sede de gobierno rodeada de murallas de fortaleza.