La colección abarca miles de obras, muchas más de 5000 según el propio listado turístico del museo, y está organizada en torno a cinco políticas de adquisición. La primera es el arte de Hokkaido, seguida del arte japonés moderno, la Escuela de París, el arte del vidrio y el arte contemporáneo. En conjunto, permiten que el museo cuente una historia local y otra global, una junto a la otra. La línea de la Escuela de París se centra especialmente en Pascin, una agradable sorpresa en el norte de Japón. La colección de arte del vidrio es otra área activa de adquisiciones, que abarca obras de Japón y del extranjero. Junto a ellas se encuentran grabados europeos y donaciones de generosos coleccionistas privados, incluidos grabados xilográficos ukiyo-e y cerámicas, de modo que la mirada puede recorrer el periodo Edo, la era Showa y el presente, y pasar de Hokkaido a Japón y a Occidente. Como hay tanto, el museo rota sus fondos. Las exposiciones de colección muestran obras en torno a distintos temas, y las exposiciones especiales presentan obras destacadas de Japón y del extranjero. El resultado es que dos visitas pueden sentirse bastante diferentes entre sí.