La historia de las colecciones comienza con la propia universidad. La Universidad de Hokkaido se fundó en 1876 como Colegio Agrícola de Sapporo. Más tarde pasó a ser la Facultad de Agricultura de la Universidad Imperial de Tohoku, luego Universidad Imperial de Hokkaido, y desde 1947 es la Universidad de Hokkaido que hoy conoce. En 1884, durante los años del colegio, la universidad se hizo cargo de un museo de jardín botánico que hasta entonces dirigía el Kaitakushi, la comisión de colonización. Ese fue el primer museo de la universidad. Sigue formando parte de la universidad, pero ahora depende de un centro de investigación independiente y no de este museo. El museo que usted visita abrió en 1999. Cuida alrededor de 4 millones de objetos reunidos a lo largo del primer siglo y medio de la universidad, entre ellos 13 000 ejemplares tipo. Son los ejemplares de referencia en los que los científicos basan la descripción oficial de una especie, lo que los hace especialmente valiosos para los investigadores. El museo ha seguido creciendo desde entonces. En 2007 el Museo de Ciencias Pesqueras, un centro expositivo de la facultad de pesca que abrió en 1958, se convirtió en anexo. En abril de 2015 el museo principal cerró para su refuerzo sísmico y trabajos interiores, y reabrió en 2016, con motivo del 140.º aniversario de la universidad, con casi el doble de espacio expositivo.