En junio de 1861 llegó a Hakodate un joven sacerdote llamado Nicolás, más tarde conocido como San Nicolás, para atender al consulado. Podría haberse limitado a cuidar de los diplomáticos, pero tenía un sueño mucho más amplio: llevar la fe ortodoxa a Japón. Así que comenzó a estudiar la lengua, la historia, la religión y las costumbres japonesas. Algunos vecinos empezaron a visitarlo. En abril de 1868, durante la época en que el cristianismo seguía prohibido, tres hombres fueron bautizados en secreto en una habitación de la residencia del sacerdote: Pavel Sawabe Takuma, Ioann Sakai Atsurei e Iakov Urano Daizo. Sus bautismos fueron los primeros frutos de la comunidad de Hakodate, y también marcan el nacimiento de la Iglesia Ortodoxa en Japón. En 1872 Nicolás se trasladó a Tokio para extender la fe por todo el país, y el monje sacerdote Anatolii se hizo cargo de Hakodate. La obra de Nicolás creció en torno a la gran catedral Nikolai-do, en Kanda, Tokio, pero Hakodate ha conservado siempre su lugar como la iglesia donde todo empezó.