Apesar da aparência futurista, o nome Shinjuku guarda um segredo de quatrocentos anos. Em 1698, durante o período Edo, esta área foi estabelecida como uma nova estação de descanso, ou shuku, na importante estrada Koshu Kaido, que ligava a capital Edo às províncias ocidentais. O nome original era Naito Shinjuku, batizado em homenagem à família Naito, um clã feudal cujas terras ocupavam grande parte desta região. Imagine viajantes cansados, mercadores e samurais parando aqui para descansar antes de entrar no coração da capital. O destino da área mudou drasticamente após o Grande Terremoto de Kanto em 1923; por estar situada em um planalto geologicamente estável, Shinjuku sofreu menos danos do que o centro histórico, atraindo empresas e moradores que buscavam segurança, o que deu início à sua ascensão como um centro comercial gigante.