Para entender este santuário, imagine Shinjuku antes dos arranha-céus. Naquela época, ela ficava bastante distante de Edo, a cidade que hoje chamamos de Tóquio. A área começou a se desenvolver quando uma nova estação de parada foi aberta nas estradas Ome Kaido e Koshu Kaido, que serviam como atalho na Rodovia Nakasendo, a rota que ligava Edo a Kyoto. Os viajantes precisavam de hospedagem, os comerciantes seguiram, e um santuário para zelar por todos fazia sentido. O Santuário Hanazono Jinja passou a ser considerado o mais importante santuário de Shinjuku, protegendo a área e seus habitantes, comerciantes, artesãos e artistas. Qual é a sua idade? Há dois relatos. Um diz que o santuário foi fundado em meados do século XVII. O outro diz que ele já era venerado como o santuário central de Naito Shinjuku antes de Tokugawa Ieyasu estabelecer o Xogunato de Edo. De qualquer forma, já no período Edo ele era considerado antigo.