O santuário principal, ou Honden, é a grande estrela arquitetônica. Ele foi construído durante a era Oei, entre 1394 e 1428, e foi substancialmente reparado em 1542. Em uma cidade onde o fogo destruiu tantos edifícios antigos de madeira, este sobreviveu, tornando-se um dos mais antigos de Kyoto. Ele é designado como Propriedade Cultural Importante. Observe o telhado com atenção. A maioria dos santuários de Kyoto usa o estilo nagare-zukuri, em que o telhado é mais longo na frente e mais curto atrás. Aqui, o telhado de duas águas desce igualmente longo na frente e atrás, em uma forma rara chamada ryonagare-zukuri, também conhecida como Matsuo-zukuri. Ele é coberto com casca de cipreste, e as extremidades da cumeeira se curvam em uma forma decorativa chamada karahafu. A madeira quente e a casca contrastam com as paredes brancas entre os pilares. O santuário também guarda uma notável coleção de estátuas divinas. Três delas são Propriedades Culturais Importantes, duas masculinas e uma feminina, e outras dezesseis são designadas pela Prefeitura de Kyoto. Há também os jardins de Shofuen, três jardins de estilos diferentes que usam mais de duzentas pedras. No final de abril, cerca de 3000 yamabuki, ou kerria, florescem em amarelo dourado ao longo do Rio Ichinoi, entre o portão da torre e o salão principal.