A história começa com Shinran, fundador da tradição Jodo Shinshu. No ano de 1272, seus discípulos transferiram seus restos mortais de Otani para um ponto ao norte de Yoshimizu e construíram ali um salão mausoléu para abrigar sua imagem. Aquele pequeno memorial cresceu e se tornou o Hongan-ji, e se espalhou amplamente sob seu oitavo sumo sacerdote, Rennyo. Em seguida veio a turbulenta era dos estados em guerra, quando o templo foi envolvido na luta em torno de Ishiyama Hongan-ji. Após a morte do senhor da guerra Hideyoshi, em 1598, o sumo sacerdote Kyonyo apoiou abertamente Tokugawa Ieyasu. Quando Ieyasu se tornou xogum, em 1602, Kyonyo foi recompensado com terras em Kyoto, a leste do Hongan-ji existente, e em 1603 o novo templo já era conhecido como Higashi Hongan-ji. É por isso que existem hoje dois grandes templos Hongan-ji em Kyoto. O ocidental é o Nishi Hongan-ji, e este é seu equivalente oriental. Os nomes surgiram por conveniência: como este templo ficava a leste, as pessoas o chamavam de Templo Oriental, e o mais antigo passou gradualmente a ser conhecido como Templo Ocidental, em contraste.