A história começa em 1272, no nono ano de Bun'ei, quando a filha mais nova de Shinran, Kakushinni, construiu um salão-mausoléu para seu pai no distrito de Otani, nas colinas de Higashiyama. Daquele pequeno memorial cresceu um movimento. O nome Hongwanji entrou em uso público por volta de 1321, e o par característico de salões do templo tomou forma ao longo das gerações seguintes: na época do sétimo líder, Zonnyo, um Salão do Fundador de cinco baias ficava ao norte e um Salão Amida de três baias ao sul — um arranjo que ainda molda a forma como você encontra este lugar hoje. Em 1457, o oitavo líder, Rennyo, herdou a linhagem do dharma aos quarenta e três anos e transformou uma comunidade modesta em uma grande. Mas a escala trouxe conflito. Em 1570, o senhor da guerra Oda Nobunaga voltou-se contra o Hongwanji, cuja rede se tornara uma grande força social, e os dois lados travaram a chamada guerra de Ishiyama por onze anos. Um acordo veio em 1580. O décimo primeiro líder, Kennyo, deixou a fortaleza de Ishiyama e mudou-se para Sagimori, em Kii, depois para o templo Gansenji, em Kaizuka, em Izumi, antes de Toyotomi Hideyoshi conceder terras em Osaka Tenma. Em 1591, a concessão de terras do templo por Hideyoshi trouxe a comunidade para este local. Então, em 1602, ela se dividiu: Kyonyo, apoiado por Tokugawa Ieyasu, estabeleceu o que se tornou o Higashi-Hongan-ji, a leste. Os nomes eram originalmente apenas descrições de posição — o templo mais a leste foi apelidado de oriental, então este se tornou o Hongwanji ocidental. Formalmente, é simplesmente Hongwanji.