Osservate ora l'architettura in sé. Il complesso segue lo stile shinden-zukuri, la maniera delle residenze aristocratiche del periodo Heian. In quella tradizione un edificio principale, lo shinden, si affaccia a sud su un giardino. Al Santuario di Itsukushima il giardino è stato sostituito dal mare, un modo notevole di adattare una dimora nobiliare. Gli edifici poggiano su alti pilastri di legno e sono collegati da lunghi corridoi. Padiglioni e un palcoscenico per il teatro nō si trovano tra di essi, e ogni elemento strutturale è dipinto di vermiglione. Il santuario possiede le parti tipiche di un complesso shintoista, ma sono insolite per dimensioni. Vi è un honden, la sala principale, un haiden, l'oratorio principale, e un heiden, la sala delle offerte. L'haiden e l'heiden sono insolitamente lunghi. L'honden è una struttura di otto per quattro campate con un tetto di corteccia di cipresso in stile kirizuma. Il progetto riflette anche una lunga tradizione dell'edilizia giapponese. Le strutture del periodo Heian tendevano a seguire il loro contesto, lasciando che alberi, acqua e bellezza naturale diventassero parte del progetto. Con l'alta marea le sale sembrano galleggiare, mentre con la bassa marea emergono i pilastri e la riva. Entrambe le viste meritano di essere ammirate.