L'histoire de ce musée commence à Pékin en 1925, bien avant que quiconque n'imagine un bâtiment à Shilin. Le musée fut réétabli ici, à Taipei, en 1965. Le parcours entre ces deux dates est l'un des chapitres les plus spectaculaires de l'histoire des musées. Un premier envoi de 772 caisses quitta les quais de Xiaguan, à Nankin, à bord du navire Zhongding. Neuf escortes, dont Li Ji, Zhuang Yan et Tan Danjiong, l'accompagnaient. Les caisses atteignirent le port de Keelung le 26 décembre, et le lendemain matin elles furent chargées dans un train à destination d'un entrepôt à Yangmei. Un second envoi de 3 502 caisses suivit à bord du navire Haihu, accompagné de douze personnes, parmi lesquelles Na Zhiliang, Wu Yuzhang, Liang Tingwei, Chang Bide, Li Lin-ts'an et Suo Yuming. Le 9 janvier 1949, les caisses furent acheminées vers deux entrepôts de la sucrerie de Taichung, près de la route Zhenxing. Aujourd'hui, le musée conserve environ 22 % des caisses envoyées initialement vers le sud depuis la Cité interdite, soit 2 972 sur 13 491. En ajoutant les 852 caisses du Musée central national, on atteint une collection de 608 985 reliques culturelles.