La plus grande catastrophe de l'histoire du temple survint en 1945, lorsque les bombardements aériens de Tokyo détruisirent la plupart de ses bâtiments importants. Parmi les pertes figurent le mausolée Taitoku-in de Hidetada, avec le monument à son épouse Sūgen'in, ainsi que les mausolées d'Ienobu et d'Ietsugu. Tous avaient été classés Trésors nationaux du Japon. Aujourd'hui, des parties de deux des tombes sont des Biens culturels importants. Une structure a traversé la guerre. Il s'agit de la porte principale, le Sangedatsumon, une porte à deux étages haute de 21 mètres, soit 69 pieds. Elle fut construite en 1622, ce qui en fait le plus ancien bâtiment en bois de Tokyo, et c'est la seule structure d'origine du temple à avoir survécu à la Seconde Guerre mondiale. Elle est un Bien culturel important. Lorsque vous passez dessous, vous marchez dans les premières années de l'époque Tokugawa. Les mausolées disparus ne sont pas oubliés. En avril 2015, une galerie des trésors a ouvert au premier sous-sol de la salle principale, marquant 400 ans depuis la mort de Tokugawa Ieyasu. Sa pièce maîtresse est une maquette architecturale à l'échelle un dixième du mausolée Daitokuin, qui se dressait autrefois du côté droit du domaine, près de l'hôtel Tokyo Prince.