L'histoire du sanctuaire Hie commence bien avant le Tokyo moderne. À l'époque de Kamakura, le clan Edo y fit installer un sanctuaire Sanno dans cette région. Plus tard, pendant les années Bunmei, le guerrier Ota Dokan invita la divinité Sanno de Kawagoe au château d'Edo, et cet acte posa les fondations du sanctuaire actuel. Puis l'histoire bascula. En 1590, Tokugawa Ieyasu fit du château d'Edo sa résidence et vénéra le sanctuaire comme divinité tutélaire de la famille Tokugawa et divinité natale d'Edo. À mesure que le château s'agrandissait, le sanctuaire fut déplacé à Kojimachi Hayabusacho, puis, la deuxième année de l'ère Manji, soit en 1659, il s'installa sur la colline qu'il occupe aujourd'hui à Nagatacho. Les siècles modifièrent sans cesse son titre. Lorsque le château devint le Palais impérial, le sanctuaire fut honoré comme son protecteur. En 1868, il prit officiellement le nom de sanctuaire Hie, bien qu'il ait longtemps été désigné par des appellations telles que sanctuaire Hie Sanno, Edo Sanno Gongen et Kojimachi Sanno. Pour ses fidèles, c'est simplement « la montagne », et pour tous les autres, il a toujours été Sanno-san.