L'histoire commence avec le clan Minamoto, dont la divinité tutélaire était Hachiman. En 1063, au huitième mois, le commandant Minamoto no Yoriyoshi rendit grâce et pria pour la victoire pendant la guerre des Neuf Ans, dite « première ». Il invita la divinité d'Iwashimizu Hachimangu, à Kyoto, à venir à Kamakura, dans le quartier de Yui, en un lieu appelé Tsurugaoka, qui correspond aujourd'hui à Zaimokuza, à Kamakura. Ce premier sanctuaire fut appelé Tsurugaoka Wakamiya-ji. En 1081, son descendant Minamoto no Yoshiie, connu sous le nom de Hachimantaro, fit procéder à des travaux de réparation. C'est ainsi que l'histoire du sanctuaire est traditionnellement comptée. Vient ensuite le moment décisif. Environ 120 ans après cette première installation, en 1180, Minamoto no Yoritomo, descendant de Yoriyoshi, entra dans Kamakura. Il déplaça le sanctuaire vers son emplacement actuel et le plaça au centre de sa nouvelle ville. En 1191, le sanctuaire avait adopté la disposition d'un sanctuaire supérieur et d'un sanctuaire inférieur qui perdure aujourd'hui. Les divinités qui y sont vénérées sont au nombre de trois : l'empereur Ōjin, la déesse Hime et l'impératrice Jingū. Avec Usa, à Ōita, et Iwashimizu, à Kyoto, ce sanctuaire est considéré comme l'un des grands sanctuaires Hachiman représentatifs du Japon.