El capítulo más conmovedor de la historia de la torre pertenece al Gran Terremoto de Hanshin-Awaji del 17 de enero de 1995. El propio Muelle Naka sufrió daños graves, pero la torre salió casi ilesa. El 14 de febrero, menos de un mes después del sismo, sus luces volvieron a encenderse, con la esperanza de que sirvieran de faro para los ciudadanos de Kobe mientras se levantaban para reconstruir la ciudad. Aquel gesto ayudó a convertir la torre en un símbolo de recuperación. Ha sido renovada en más de una ocasión. Una renovación de finales de 2009 a abril de 2010 costó unos 330 millones de yenes y dio como resultado una torre repintada, un nuevo sistema de iluminación LED capaz de 40 tipos de espectáculos luminosos, una sala de observación renovada y una mejor accesibilidad. Después, desde septiembre de 2021 hasta abril de 2024, la torre estuvo cerrada por refuerzo sísmico y renovación, y envuelta en lonas blancas. En diciembre de 2023, en una ceremonia de iluminación celebrada el día 21, volvió a presentarse al público, y los vecinos que se habían reunido aplaudieron. La renovación añadió una planta de observación en la azotea, cerrada con cristal y con una panorámica completa de 360 grados. Ahora un ascensor directo lleva desde la planta baja hasta la plataforma de observación de la quinta planta. El antiguo letrero de neón con la inscripción PORT OF KOBE, situado en la parte superior, fue sustituido por iluminación LED, y el letrero de neón original se instaló como monumento en un césped justo al sur del edificio de la Aduana de Kobe.