Aquí tiene uno de los datos más sorprendentes sobre el templo Ninna. La mayoría de sus edificios se quemaron durante la guerra de Onin, que se libró entre 1467 y 1477. La reconstrucción llegó en las eras Kan'ei y Shoho, entre 1624 y 1648. En 1634, el vigésimo primer jefe del templo, el príncipe Kakushin, pidió al shogun Tokugawa Iemitsu, que visitaba Kioto, que ayudara a restaurar el templo. Iemitsu aceptó, y el respaldo del shogunato hizo posible la reconstrucción. El resultado fue una especie de reciclaje a escala imperial. Cuando el palacio imperial de Kioto se reconstruyó en los años Kan'ei, algunos de sus antiguos edificios fueron concedidos al templo y trasladados aquí. El Salón Dorado, Tesoro Nacional, es el antiguo Shishinden, el salón ceremonial principal del palacio, construido en 1613. Es el Shishinden más antiguo que se conserva en el mundo. Cuando se convirtió en un salón budista, el techo pasó de corteza de ciprés a teja, pero todavía se aprecian detalles palaciegos, como las celosías que se levantan hacia arriba y los herrajes decorativos de metal dorado. En su interior, la imagen principal es Amida Nyorai. El Salón del Fundador, Bien Cultural Importante, se construyó entre 1641 y 1645 con madera del antiguo salón Seiryoden del palacio. Alberga imágenes de Kobo Daishi, fundador de la escuela Shingon, junto con el emperador Uda y el segundo jefe del templo, el príncipe Shoshin.